Pasolini ricostruì i luoghi del suo Vangelo secondo Matteo nell’Italia Meridionale, il cui paesaggio ricordava quello mediorientale di 2000 anni prima. La Galilea si trasferì così in vari ambienti rupestri di Calabria, Lazio, Sicilia e Puglia, mentre Gerusalemme rinacque tra i Sassi di Matera, dove il regista volle ambientare la passione, crocifissione e resurrezione di Gesù. Posto su due colline separate da un burrone, il borgo lucano di Barile (PZ), divenne Betlemme: tra le grotte scavate nel tufo del complesso collinare denominato Sheshe vennero ambientati quattro episodi legati alla prima infanzia di Gesù (la natività, l'adorazione dei magi, la strage degli innocenti e la fuga in Egitto). Il cortile interno del Castello di Lagopesole ad Avigliano (PZ) divenne location del sinedrio che ne decretò la condanna.

Le riprese pugliesi riguardarono diversi castelli e agri della Murgia. Nell’ala nord del Castello di Gioia del Colle, la reggia di Erode per l’occasione, Salomè danza per Erode e chiede in cambio la testa di Giovanni Battista. A Castel del Monte (Andria) avviene l’episodio della cacciata dal Tempio tra i sacerdoti che assistono infastiditi. Presso il Castello di Barletta Ponzio Pilato chiede al popolo se scarcerare Gesù o Barabba. La Gravina di Ginosa, Manduria e soprattutto gli ambienti rupestri di Massafra si trasformano nella Palestina. Nell’agro di Santeramo in Colle, in contrada Sabatolla, Pasolini utilizzò per alcune riprese (l’annunciazione e il discorso delle beatitudini prima dell’arrivo a Gerusalemme) la casetta e lo jazzo.

I 40 giorni nel deserto vennero ambientati prevalentemente nella Valle dell’Etna, in Sicilia, salvo saltare a Monterano, città fantasma in provincia di Roma, la cui Chiesa di San Bonaventura è la scenografia di una delle tentazioni di Satana, e a Tuscania (VT) dove a fare da sfondo alla tentazione sono la Chiesa di Santa Maria Maggiore e la Basilica di San Pietro (se ne intravede l’inconfondibile rosone). Presso le Cascate del Fosso Castello a Chia, frazione di Soriano nel Cimino (VT) si girò la scena del Battesimo. Gesù nel suo peregrinare guarisce alcuni lebbrosi che vivono in una torre: la scena fu girata presso la Torre delle Caldane all'interno del Parco di Tor Caldara nei pressi di Anzio (RM).

In Calabria infine, Paolini scelse i calanchi di Cutro (KR) per la loro conformazione desertica e la spiaggia delle Castella, frazione di Isola di Capo Rizzuto (KR), con la Fortezza Aragonese sullo sfondo, dove girò le scene ambientate sul Giordano.