Il Convento di Santa Chiara è situato sul lato nord-est del promontorio di Bari vecchia ed affaccia ad est sul lungomare Antonio De Tullio, a sud su strada Tresca e il Castello Svevo, ad ovest su strada Santa Chiara ed a nord confina con il cortile di accesso all'ex-convento di San Francesco della Scarpa. Sul lato est correvano le mura della città. Nel tratto di mura fra il castello e la Chiesa di Santa Chiara si apriva il porto medioevale e la attuale via di Santa Chiara era uno dei principali percorsi per accedervi.
Attualmente l'ex convento si presenta in forma piuttosto compatta, un parallelepipedo a base rettangolare alto quattro piani, ma è il risultato di progressive addizioni realizzate fra il XV e il XX secolo.
Il complesso della chiesa e del convento di Santa Chiara trae origine da una chiesa fatta costruire nel XIII secolo dai cavalieri dell'ordine teutonico, dedicata a Santa Maria degli Alemanni. La chiesa divenne in seguito soggetta alla badia o precettoria di San Leonardo della Mattina di Siponto.
Da settembre 2016 è sede della Soprintendenza Archeologia, belle arti e paesaggio per la città Metropolitana di Bari.
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